�、张掖、五原三郡的贫民贷谷。17日，南郡秭归县山崩。6月，颍川郡舞阳县大水。刘肇下诏赐受水灾的贫民每人谷3斛。7月1日，日食。
9月9日，太尉张酺罢官。17日，大司农张禹升任太尉。
11月，西域蒙奇、兜勒二国遣使内附。汉和帝刘肇赐其王金印紫绶。
迷唐数降数叛之后，他的烧当羌族部落已不满二千人，且饥窘交迫，当时曾允许其暂居金城郡。本年，刘肇命迷唐率其部落返回大小榆谷。迷唐却想“榆谷附近，汉人已造河桥，往来甚便。我一旦再叛，如何防守得住”便以种人饥饿为名，不肯远归。护羌校尉吴祉于是就给了迷唐很多金帛，让他可以购买谷物牲畜，但必须尽快出塞，离开大汉境内。这下，迷唐再也装不下去了，于是联络湟中诸胡，再次反叛。王信、耿谭、吴祉等人皆受其牵连，被罢官。
永元13年（101）1月30日，汉和帝刘肇幸东观，览书林，阅篇籍，博选术艺之士以充其官。
3月，刘肇下诏赈济张掖、居延、朔方、日南4郡贫民。8月，下诏赈济日南郡象林县贫民。
8月，迷唐回到赐支河曲，随即发兵攻打汉境。新任护羌校尉周鲔与金城太守侯霸调集诸郡汉、羌、胡兵共三万人出塞迎击。来到允川，未见敌踪。周鲔下令安营驻扎，派侯霸率兵深入。侯霸果然搜得迷唐巢穴，大破之，降者六千余人。迷唐只带数百残骑，远遁赐支河源头，投靠发羌部落。不久病死，其子来降，户已不满数十。
刘肇下诏：将那6000余降羌分徙汉阳、安定、陇西3郡。又因周鲔逗留不进，罢去其护羌校尉之职，改由侯霸接任。
8月，荆州雨水。9月9日，刘肇下诏免除今年一半的租赋。对贫民贷以种食。
11月，安息国遣使来献师子及条支大爵。
14日，刘肇下诏：命幽、并、凉诸州边郡，人口10万以上的，每年推举孝廉1人；5-10万的，每二年推举孝廉1人。5万以下的，每3年推举孝廉1人。
鲜卑侵犯右北平郡，之后又侵入渔阳郡。被渔阳太守击退。
26日，司徒吕盖因老病罢官。12月5日，光禄勋鲁恭升任司徒。
19日，南郡巫县蛮许圣因赋税不公，起兵反叛，攻打南郡。
永元14年（102）2月，安定郡降羌烧何种反叛，被郡兵平定。于是西海及大小榆谷的羌患暂时平息。刘肇接受隃麋相曹凤的上书建议，重新设置西海郡，封曹凤为金城西部都尉，驻守龙耆城。又在金城郡增广屯田，列屯夹河，共34部。5年多后的永初元年即将大功告成之际，不料羌族部落再次反叛，竟至中辍。
3月27日，汉和帝刘肇临辟雍，飨射，大赦天下。
4月，刘肇遣使者督率万余荆州兵，分道讨伐南郡巫蛮许圣的叛乱，大破之。许圣投降后，其众被徙置江夏郡。
10日，刘肇下诏赈济张掖、居延、敦煌、五原、汉阳、会稽等郡贫民。
5月7日，刘肇初置象林将兵长史。
这一年，汉和帝刘肇的后宫发生了一件大事：阴皇后因妒忌某人，玩弄巫蛊，想咒死对方。没想到对方没被咒死，事情反而被发觉了。于是刘肇废了阴皇后，软禁到桐宫…最后，阴皇后就在桐宫里抑郁而死…
阴皇后的曾祖父，是刘秀皇后阴丽华同父异母的哥哥。曾经显赫的家族，走到今天这一步，步了窦氏家族的后尘，实在让人唏嘘不已：这到底是什么样的一个女人，竟能把阴皇后pk下台？