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原来荷兰人在马尼拉也有自己的探子，科奎拉准备派出去中国的第二支舰队的消息，很快就被荷兰人知道了。两次到宁波来购买便易生丝，荷兰人一共买走了二十三万多斤生丝，从中狠赚了一笔，虽然商毅告诉他们，便易生丝己经没有了，但荷兰人也觉得十分满足，同时还定购了大量其他的商品，可以预见，今年台湾商馆的贸易额一定会比去年有大幅的提高，因此现在商毅和荷兰人正在蜜月期，荷兰人自然不希望双方的合作受到干挠，一得知这个消息，就立刻派人通知了基隆的沈寿崇。
收到了荷兰人的消息，商毅也基本确定，第二支西班牙舰队是真的，因此也立刻开始集积的准备迎战。
当然在迎战西班牙舰队之前，首先要把自己内部的事情处理好。现在山东战区马上就要进入临战况态了，也需要好好安排一下。
商毅基本同意周少桓的意见，趁着目前山东的无政府状态，先攻占莱州和青州，但也只陷于这三府的地方，在必要的时候，可以出境作战，但不能长期驻守。
现在清军的主要精力还在追击李自成，在山东投入的兵力有限，因此目前山东的兵力也，足够应付局面了。只是一但双方接手之后，说不定清军会加大对山东的投入，也必需预先作好准备，首先要优先供应给他们武器装配弹药，还有粮食。同时还有商家军和其他地方势力之间关系处理，以及以后和其他抵抗清军的武装力量的关系处理，也都要制定一个原则出来。
商毅立刻组织了一支四十艘船组成的运输船队，火炮二百门，其中重型火炮四十门，包括二门三寸六分重型青铜野战炮，中型火炮六十门，轻型火炮一百门。雷霆战车四十辆，煫发步枪三千支，线膛枪六十支，手榴弹二万枚，火箭炮发射箱五百个，孑弹三十万发，火帽二十万个。几乎把目前杭州积累的军火用去了六成以上，另外还有三万石粮食。而这支运输船队由西班牙雇佃军舰队担任护航。
同时商毅也写信告诉周少桓等人，对別的地方势力，以好言答对，但绝不归附于任何一方，同时守好自己的防区，不要去理睬别人怎么闹腾，但对进犯自己地界的人，则要毫不客气的给予迎头痛击。对清军则更不留情，只要是在山东范围以内，趁着清军的大军还沒有到，狠狠打击一下清军，最好能先打几个漂亮的胜仗，扬一扬商家军的军威，同时商毅在南方，也能够在舆论上占得先机。
而对其他抵抗清军的武装力量，将以团结为主，尽可能和他们处理好关系，携手合作，甚致还可以给予其一定后支援，共同抵抗清军。但合作关糸也并非全无原则，商毅经过了认真思考，制定了三条原则：
一是合作原则，即双方以平等身份，沒有上下从属关系，共同合作抵抗清军。对这样武装力量，商家军主要以情报消息同享为主，也可以配合其作战，但双方各守自己的地盘，基本互不干涉，主要的战斗还是以自己为主，不可与其合作太深，并且对他们保持一定的警惕性，要预防对方突然投降清军。如果对方需要武器、物资，在一般情况下，都要支付一定的报酬。
二是依附原则，即对方依附于商家军，保持自己力量的整体性和独立性的情况下，听从商家军的命令调派，但不接受商家军的人事安排和对军队的重新整编。对这样的武装力量，在确保对方能服从命令和较好的完成作战任务的前提下，可以给予必要的物资支援和一定的武器支援，但也要对其有所预防，不能完全绝对信任。同时可以通过帮助他们训练指导等手段，拉陇分化对方的基层士兵，使其逐步完全倒向商家军的一方来。
三是完全归降，对这样的武装力量，将按目前商家军的招兵训练考核标准，重新整编训练，并且和商家军的其他士兵享有同样的待遇。