�正式统治权之后，立即下令中断达赖喇嘛的转世教主危机，不但西藏的黄教僧侣和信徒们忧心如焚，更让信奉黄教的蒙古各部不能容忍。在禁令颁布的同年，喀尔喀部确科尔兄弟率军入藏，欲图迫使藏巴汗解除禁令，被藏巴汗击败。

  万历四十七年，在青海驻牧的右冀土默特部首领拉尊和古茹率兵入藏，击败藏巴汗，禁止四世达赖灵童转世的禁令才作废，但拉尊和古茹也无法在西藏站住脚，很快撤回青海。

  红教看见黄教在蒙古有诸部支持，百万信众，一次次的打过来，迟早扛不住，他们只好另寻奚径，以压制黄教。

  正好信奉黄教的是土默特、内地喀五部、科尔沁、卫立特等部，倒是全蒙古的共主，黄金家族的林丹汗对黄教并不感冒，各部的首领和酋长都混了一个好头衔，不是法王就是活佛，他也混不到什么好头衔，沙巴尔与之暗通款曲，许诺可以封为：林丹呼图克图圣武成吉思大明薛禅战无不胜无比伟大恰克剌瓦尔迪太宗上天之天宇宙之玉皇转金轮法王。”他欣然接受了，由信奉红教改信黄教。

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